O Seminário Maior Provincial Rainha dos Apóstolos recebia seminaristas da filosofia e da teologia até 1989. No dia 19 de fevereiro de 1989, a filosofia se desmembrou da teologia, ocupando uma casa na Paróquia Nossa Senhora da Boa Esperança, em Pinhais. No dia 18 de fevereiro de 1990, a Comunidade da Filosofia mudou-se para o bairro da Água Verde (casa da doméstica). No mês de julho mudou-se para o prédio localizado na Rua Major Heitor Guimarães, 220, onde hoje se localiza o Seminário Rainha dos Apóstolos.
Depois de quase três anos de caminhada emancipada da teologia, acontece a fundação do Seminário Filosófico Bom Pastor no dia 01 de setembro de 1991, pelo Núncio Apostólico no Brasil D. Carlo Furno, quando D. Pedro Fedalto era arcebispo de Curitiba. Deste modo, o seminário filosófico completou 32 anos de existência, mas 30 anos de sua data de fundação em 2021.
No dia 22 de maio de 1995, o Seminário Bom Pastor se instalou na ala esquerda do prédio do Seminário São José, em Orleans, onde funciona até hoje.
No dia 07 de março de 1996 foi inaugurada por Dom Pedro Fedalto a Faculdade Arquidiocesana de Filosofia (FAF). Esta funcionou até 2015, tendo como expoentes Monsenhor Diniz Mikosz, reconhecido filósofo da Arquidiocese de Curitiba e o leigo e ex-seminarista Ademir Zanlorenzi, que estruturaram os primórdios da Instituição, que a partir de 2006 associou-se à Uniandrade. A partir de 2016, os seminaristas estudam na Faculdade São Basílio Magno (FASBAM).
A Filosofia, a partir de 1989, teve os seguintes reitores: Côn. Élio Dall’Agnol (1989-1991), Pe. Elmo Heck (1992-1993), Pe. João Batista Chemin (1994-2015) e Pe. Roberto Nentwig (2016- atualmente). Os vice-reitores foram: Pe. Marcelo Deluca Moreira (1999); Pe. Ricardo Hoepers (atual bispo diocesano de Rio Grande – Rio Grande do Sul) (2001); Pe. Mauricio Gomes dos Anjos (2002-2010) e Pe. Régis Soczek Bandil (2010-2014).
Os diretores espirituais foram: Côn. Idenando Ramos Sobrinho, Pe. João Sônego, Pe. Antônio Luciano Ferreira de Lima, Pe. Claudeci Aparecido Candido e Monsenhor Francisco Fabris. Atualmente exercem esta função formativa, os padres Régis Bandil e Padre Walter Borghesi. Por fim, atuou em prol do Seminário o Pe. Carlos Alberto Chiquim, que foi responsável pela Pastoral Vocacional e Ecônomo na década de 90.
Nesta Instituição passaram 273 seminaristas, sendo destes ordenaram 49 padres, sendo a maior parte do clero desta Igreja Arquidiocesana e alguns em diversas dioceses do Brasil. Atualmente residem na casa formativa da etapa do discipulado cinco seminarista (três do 1º ano de Filosofia, um do 2º de Filosofia e um do 3º ano de Filosofia).
