Na década de 50, Dom Manuel da Silveira D’Elboux, ao ver que havia dificuldades para o envio dos seus seminaristas para lugares mais longínquos, resolveu abrir um Seminário Maior Provincial no Paraná, servindo também as Dioceses de Santa Catarina. Desse modo, depois de conversar com o seu clero, a quem pediu que indicassem um “Padroeiro” para o Seminário, inaugurou aos 22 de agosto de 1957 o Seminário Maior Provincial Rainha dos Apóstolos. Este nome foi sugestão do então Padre Antônio Agostinho Marochi (Depois Bispo de Presidente Prudente-SP). O Seminário ainda recebeu um Padroeiro Secundário, São Pio X, que fora sugestão do então Padre Pedro Fedalto (Hoje Arcebispo Emérito de Curitiba, com 96 anos de idade).

No princípio, os Cursos de Filosofia e Teologia funcionavam no próprio Seminário. Com o passar do tempo, com a criação de outros Seminários no Paraná e Santa Catarina, os seminaristas foram estudar em Institutos Externos, como é o caso da Pontifícia Universidade Católica do Paraná (PUC-PR) e Faculdade São Basílio Magno (FASBAM) para a Filosofia e o Studium Theologicum dos Padres Claretianos  para os de Teologia.

Atualmente, o Seminário Rainha dos Apóstolos está adequado à Ratio Seminariorum de 2016, que é o Documento do Papa Francisco que norteia a Formação dos Padres. Distingue-se assim como a Casa de Formação Personalizada dos seminaristas residentes na Fase de Configuração, que cursam Teologia. É também o local de referencia dos seminaristas não residentes na Fase de Síntese (que concluíram o curso teológico e estão no Ano Missionário em uma Diocese Amazônica ou do Norte do Brasil, ou ainda, conforme o caso, no Estágio Paroquial local para realizar Ano de Síntese). Esta nova impostação do Processo Formativo está em consonância com as diretivas do Papa Francisco, priorizando cada vocacionado e o trabalho personalizado. Não basta cumprir disciplinas em âmbito acadêmico para ser presbítero. As Fases Formativas implicam ainda as Dimensões presentes na formação dos novos padres: humanoafetiva, intelectual, espiritual, pastoral-comunitária e missionária.

Que a Rainha dos Apóstolos abençoe e recompense cada um, em especial pelo fato de terem passado por esta Casa de Formação 991 seminaristas. Entre estes ordenaram-se 399 padres, dos quais foram foram eleitos 18  bispos, destacando-se o Cardeal Dom Odilo Pedro Scherer, Arcebispo de São Paulo-SP, formando entre 1972 e 1976 ; o Cardeal Dom João Braz de Aviz, Prefeito do Dicastério para os Religiosos- Roma, formando entre 1965 a 1967; e até mesmo o próprio arcebispo metropolitano de Curitiba, Dom José Antônio Peruzzo, formando entre 1979 e 1985 .